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      聞味識動物!空氣里含有足夠DNA來識別動物園中動物

      2022年01月07日 14:49   來源:經濟日報新聞客戶端   

        動物園里的空氣充滿了各種氣味,從用作飼料的魚到食草動物的糞便。但你知道嗎,它也充滿了生活在那里的動物的DNA。在1月7日的細胞出版社(Cell Press)旗下期刊Current Biology (《當代生物學》)上,兩個研究小組各自發表了一項獨立的概念驗證研究,表明通過從當地動物園采集空氣樣本,他們就可以收集到足夠的DNA來識別附近的動物。這可能被證明是追蹤生物多樣性的一種有價值、非侵入性的工具。

        “捕獲來自脊椎動物在空氣中傳播的環境DNA,甚至有可能使我們探測到那些看不到的動物!备绫竟髮W研究團隊負責人Kristine Bohmann說。

        陸生動物可以通過許多方式加以監測:直接通過攝像機和現場觀察,或者間接通過它們留下的東西,比如腳印或糞便。這些方法的缺點是需要進行密集的野外工作,并且需要動物在場。例如,通過攝像機監控動物需要知道在動物路徑上放置攝像機的位置,并從成千上萬張圖片中篩選,這通常還需要一點運氣。

        “在我職業生涯的早期,我曾去過馬達加斯加,希望能看到很多狐猴。但實際上,我很少見到它們。相反,我只是聽到它們從樹冠上跳開!盉ohmann說,“所以,對許多物種來說,通過直接觀察發現它們需要做很多工作,尤其是如果它們神出鬼沒,生活在非常封閉或難以接近的棲息地!

        “與人們在河流和湖泊中發現的東西相比,監測空氣中的DNA真的非常困難,因為空氣中的DNA似乎被超級稀釋了!眰惗噩旣惻醮髮W研究小組的首席研究員Elizabeth Clare (Clare現在在多倫多約克大學)說,“但我們的動物園研究在不同的樣本、基因、地點和實驗方法上還沒有失敗。所有這些都非常有效!

        Bohmann和Clare通過收集含有動物脫落DNA的其他樣本,從他們過去監測野生動物的研究中汲取了大量資源。這被稱為“環境DNA”或eDNA,是一種成熟的技術,最常見的是通過對水樣中的eDNA進行測序來監測水生生物。

        “空氣包圍著一切,我們希望在優化對動物DNA的真實檢測的同時,避免樣本受到污染。” Bohmann說,“我們對空氣中eDNA的最新研究涉及到我們通常處理eDNA樣本時所做的事情,只是稍微調整了一下。”

        每個研究小組都在當地動物園進行他們的研究,在動物園的不同地方收集樣本,包括熱帶房屋和室內馬廄等有圍墻的圍欄,以及露天的室外圍欄!盀榱耸占諝庵械膃DNA,我們使用了一個風扇,就像你用來冷卻電腦的風扇一樣,并在風扇上附加了一個過濾器。然后我們讓它運行一段時間。”哥本哈根大學第一作者、博士后研究員Christina Lynggaard說。

        風扇從動物園和周圍的環境中吸進空氣,這些空氣可能含有多種來源的遺傳物質,比如呼吸、唾液、皮毛或糞便,盡管研究人員還沒有確定其確切來源。 “它可以是任何在空中飛行的東西,而且足夠小,可以持續漂浮在空中!盠ynggaard說,“在空氣過濾后,我們從過濾器中提取DNA,并使用PCR擴增技術復制了大量動物DNA。在DNA測序之后,我們處理了數以百萬計的序列,并最終將它們與一個DNA參考數據庫進行比較,以確定動物物種!

        “這是一種信念上的飛躍,因為當你處理常規組織,甚至水生DNA樣本時,你可以測量有多少DNA,但我們處理的這些樣本是法醫鑒定的微量DNA。” Clare說,“在很多情況下,當我們只取樣幾分鐘時,我們無法測量DNA,所以我們必須跳到PCR的下一個階段,即找出其中是否有任何物質。當我們進行數小時的抽樣時,我們會得到更多,但這是一種權衡!

        在每一項研究中,研究人員都發現了動物園內的動物和附近的野生動物。Clare的團隊來自倫敦瑪麗女王大學,他們檢測到了25種哺乳動物和鳥類的DNA,甚至還檢測到了在英國瀕臨滅絕的歐亞刺猬的DNA。哥本哈根大學的Bohmann團隊則發現了49種非人類脊椎動物,包括哺乳動物、鳥類、爬行動物、兩棲動物和魚類。這些動物包括動物園里的動物,如??狓和犰狳,甚至熱帶溫室池塘里的孔雀魚,以及當地的動物,如松鼠,和有害的動物,如褐鼠和家鼠。此外,他們還在動物園里發現了用作其他動物飼料的魚類。兩個團隊都采取了廣泛的措施來檢查他們的樣本是否被污染,包括被實驗室里已經存在的DNA污染。

        通過選擇一個動物園作為他們研究的地點,研究人員知道了大量非本地物種的位置,這樣他們就可以分辨出真實信號和污染物之間的區別!拔覀儽緛硐肴マr場,但如果你采集到奶牛的DNA,你必須問:‘這頭牛是在這里,還是在100英里以外,還是在某人的午餐里?’”Clare說,“但以動物園為模型,除了動物園的老虎,我沒有其他方法能夠檢測到老虎的DNA。這讓我們能夠真正測試檢出率!

        Clare說:“我們的實驗室都在開發和應用新工具,所以也許我們在同一時間有了相同的想法并不奇怪。

        然而,這兩個研究小組同時在《當代生物學》發表論文絕不是巧合。兩個小組在一個預印本服務器上看到彼此的文章后,決定共同向雜志投稿。 “我們決定賭一把,我們不愿意在這個項目上競爭。” Clare說,“事實上,這是一個非常瘋狂的想法,我們最好有獨立的證據證明這是有效的。兩個團隊都非?释吹竭@項技術的發展!保ń洕請笥浾 佘惠敏)

      (責任編輯:張雪)

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